A la veille de sa mort, le frère Léon, compagnon de François d'Assise, soulage sa conscience en exhortant son disciple, l'ermite Conrad, à éclaircir les mystères qui ont suivi la disparition de saint François en 1226. S'ensuit une vie entière de recherches, des intrigues de toute sorte et des pièges tendus par des religieux sans scrupules. Même le pape et l'Eglise s'en mêlent.